Uno de los primeros objetivos marcados fue la conservación. Después de muchos años de abandono, los documentos presentaban un serio deterioro, en ocasiones grave, fruto de la humedad, el ataque de hongos, roedores e insectos; así como del mal uso.

Como el tratamiento y restauración de toda la documentación es realmente costoso, se decidió invertir en conservación preventiva. Esto quiere decir que los documentos no van a ser restaurados, sino que se va a tratar de detener su progresivo deterioro. Con este fin, se han adquirido unos embalajes especialmente preparados para contener documentación antigua y se ha realizado el diseño y la fabricación de unos armarios en los que se puede realizar el depósito con seguridad.

No obstante, existen casos extraordinarios en los que sí se está estudiando la posibilidad de realizar una restauración profesional en laboratorio, debido al deterioro y la antigüedad de los documentos.

Realmente es un auténtico milagro que, dadas las condiciones en las que ha sobrevivido nuestro archivo, aún conservemos documentos con más de 500 años.